В самом начале игры появляется шпионского типа персонаж и заявляет, что это штаб-квартира секретной организации и он является ее главой. Далее он задает три вопроса, ответ на каждый из есть в одной из 3 предыдущих частей игры. 星月夜 - Звездная ночь, モナリザ - Мона Лиза, バンクシー – Бэнкси. При правильном вводе шпион исчезнет, появится священник и предложит узнать всю историю и пройти в открытую дверь. Как помним в предыдущей части Леон находит диктофонную запись Элины с кодовым словом для разблокировки памяти. И за «забытыми вешами» отправляется обратно в Японию. В этой части написано, что на все про все ушло 2 недели и Леон снова оказался на вилле итальянского посольства где они были счастливы с Элиной. Там он находит спрятанное им же янтарное кольцо, которое должен был подарить Элине. Кроме того на днище лодки он находит второй диск. Помимо того идет информация о том, что Элина и Кевин – дети войны. Они беженцы, мать их умерла от туберкулеза. Британский меценат Арнольд Форрестер взял опеку и вырастил их, дал образование и имена Элина и Кевин Форрестеры. Настоящие имена их сирийские. Меценат трагически погибает от выстрела в спину в лагере беженцев. На тот момент и Элина и Кевин начинающие ученые, но после смерти мецената остаются долги и Кевин бросает учебу и идет служить в SAS, чтобы оплатить учебу сестры. В это в время Элина знаомиться с Леонм и они ведут совместную работу в Японии..
Найдя второй диск Леон возвращается в Лондон. Там он оказывается на кладбище, потом в катакомбах, какие-то мистические приключения. В итоге он находит могилу Элины и в этот момент ему звонит бравый полицейский, который считает что Леон в Японии. Что-то в голосе Леона настораживает детектива, а в этот момент слышится колокольный звон и детектив понимает, что Леон в Лондоне на кладбище, и мчится туда. Леон же сжигает второй диск и с помощью пистолета сводит счеты с жизнью. Но поскольку детектив успевает на кладбище, еще живого Леона доставляют в научный центр и вводят в кому. Им занимаются лучшие нейрохирурги, видны видения в его мозгу и в один прекрасный момент Леон открывает глаза. История запутанная, как говорится что с ходу понял.